Riuscito a sfuggire ai rapitori, Shinichi si rifugia dal vicino di casa, il professor Hiroshi Agasa e, seguendo il consiglio di quest’ultimo, decide di nascondere la propria identità ai conoscenti, onde evitare la possibile scoperta da parte dell’Organizzazione della sua reale sorte. Per questo motivo alla domanda di Ran sull’identità dell’oramai divenuto bambino Shinichi, egli inventa sul momento il nominativo di Conan Edogawa, prendendo spunto dai libri di Arthur Conan Doyle e Ranpo Edogawa che scorge sulla libreria di casa. Il professor Agasa suggerisce al ragazzo di trasferirsi a casa di Ran e di suo padre, Kogorō Mōri, un detective di seconda mano[6].

Da questo momento in poi Conan risolverà tutti i casi che verranno affidati a Kogorō, o con cui verrà a contatto insieme ai suoi nuovi amici, con cui forma la squadra dei Detective Boys (Shōnen Tantei-dan). Non potendo permettersi di destare sospetti sulla propria identità, ogni volta utilizzerà un «orologio spara aghi soporiferi[7]» per addormentare Kogorō (o chi per lui) e un «modulatore vocale papillon» per imitarne la voce[7]; queste «armi segrete» sono invenzioni del professor Agasa, ideatore anche di altri strumenti utili a Conan nel corso delle indagini.

È in questo modo che continuerà a investigare alla ricerca della più piccola prova che lo riavvicini all’Organizzazione. Con il prosieguo dei casi verrà fortuitamente a conoscenza dei nomi in codice dei due individui responsabili del suo restringimento, Gin e Vodka[8]. In un secondo momento irromperà sulla scena Ai Haibara, ex-membro dell’Organizzazione e creatrice dell’APTX4869, fuggita dopo aver assunto tale sostanza[9]. In seguito, la storia acquisterà maggior forza e velocità, vedrà la comparsa di molti personaggi inerenti alla trama principale, e perfino l’entrata in scena dell’FBI[10] e della CIA[11], nonché di ulteriori componenti dell’Organizzazione Nera[12].

Così Conan, con l’aiuto di Ai Haibara, Shūichi Akai e Jodie Starling dell’FBI, continua la sua caccia agli «uomini in nero», alla ricerca dell’antidoto che lo renderà nuovamente un ragazzo di 17 anni.

1°Stagione
001 – Un Piccolo Grande Detective
002 – Una Nuova Vita
003 – Avventura Sul Set
004 – Codice Segreto: Il Pesce Che Brilla
005 – Esplosione Del Treno Super Veloce
006 – Il Caso Di San Valentino
007 – Un Regalo Al Mese
008 – Mistero Al Museo
009 – Il Festival Di Primavera
010 – Il Calciatore Ricattato
011 – Il Caso Della Sonata Al Chiaro Di Luna
012 – Una Bambina Da Salvare
013 – Dov’è papà ?
014 – Il messaggio misterioso
015 – Nessuna Traccia
016 – I duellanti
017 – Rapina ai grandi magazzini
018 – Oggi Sposi
019 – Paura In Ascensore
020 – La Casa Del Mistero
021 – Terrore Sul Set
022 – Una Crociera Da Brivido – 1°Parte
023 – Una Crociera Da Brivido – 2°Parte
024 – Il Mistero Della Bella Smemorata
025 – Il Rapimento
026 – Un Mistero Da Svelare
027. – Gita Nel Mistero – 1°parte
028 – Gita Nel Mistero – 2°Parte
029 – Misteri Al Computer
030 – Un Avvocato Nel Mistero
031 – Giallo In Diretta
032 – L’appuntamento Di Ran
033 – La Caccia Al Tesoro
034 – L’uomo Bendato – 1°Parte
035 – L’uomo Bendato – 2°Parte
036 – Chi Ha Paura Del Dentista
037 – Mistero A Tutta Velocità
038 – L’Amico Del Cuore
039 – La Giovane Ereditiera – 1°Parte
040 – La Giovane Ereditiera – 2°Parte
041 – Il Mistero Della Bandiera
042 – La Grande Festa

2°Stagione
043 – Il Rapimento Di Conan
044. – Un Compleanno Esplosivo
045 – La Maschera Di Bellezza
046 – L’ultimo Messaggio
047 – Un Tuffo Nel Giallo
048 – Il Diplomatico – 1°Parte
049 – Il Diplomatico – 2°Parte
050 – Una Biblioteca Di Misteri
051 – Indagando Sul Campo Di Golf
052 – Il Mistero Del Tempio – 1°Parte -2°Parte
053 – Una Nuova Indagine Per Conan
054 – Chi è Il Colpevole?
055 – Mistero Sul Treno
056 – L’ impresa Di Pulizia
057 – Il Club Di Sherlock Holmes – 1°Parte
058 – Il Club Di Sherlock Holmes – 2°Parte
059 – Shopping, Che Passione!
060 – Tra I Disegni Di Un Avventura
061 – Il Battello Incantato – 1°Parte
062 – Il Battello Incantato – 2°Parte
063 – Ciak, Si Indaga
064 – Impronte Digitali
065 – Indagando Nel Buio
066 – Un Conto In Sospeso
067 – Indagini a Teatro
068 – Una Vacanza In Giallo – 1°Parte
069 – Una Vacanza In Giallo – 2°Parte
070 – Una Vacanza In Giallo – 3°Parte
071 – Lo Spione
072 – I Tre Fratelli Gemelli
073 – Il Messaggio In Bottiglia
074 – Un Eroe Dal Passato
075 – Tutta La Verità
076 – Il Ladro Della Perla Nera
077 – Intrighi Di Famiglia – 1°Parte
078 – Intrighi Di Famiglia – 2°Parte
079 – Rapina In Banca
080 – Doppia Identità
081 – Voci Scomparse – 1°Parte
082 – Voci Scomparse – 2°Parte
083 – Un Medico In Carriera
084 – Vacanze Sulla Neve – 1°Parte
085 – Vacanze Sulla Neve – 2°Parte

3°Stagione
086 – Un Altro Caso Da Risolvere
087 – Il Parco Delle Gru
088 – La Villa Di Dracula – 1°Parte
089 – La Villa Di Dracula – 2°Parte
090 – L’ artista Floreale
091 – Un Ospedale Di Misteri
092 – Mr Mistero – 1°Parte
093 – Mr Mistero – 2°Parte
094 – La Regina Delle Nevi
095 – L’ alibi
096 – Una Vita Di Avventure
097 – L’ eredità
098 – Il Genio Della Ceramica – 1°Parte
099 – Il Genio Della Ceramica – 2°Parte
100 – Il Mistero Del Primo Amore – 1°Parte
101 – Il Mistero Del Primo Amore – 2°Parte
102 – L’ illusionista – 1°Parte
103 – L’ illusionista – 2°Parte
104 – La Casa Degli Orologi – 1°Parte
105 – La Casa Degli Orologi – 2°Parte
106 – Il Fotografo
107 – Il Caso Dell’ uomo Talpa – 1°Parte
108 – Il Caso Dell’ uomo Talpa – 2°Parte
109 – Paura A Quattro Ruote
110 – Lezioni Di Cucina – 1°Parte
111 – Lezioni Di Cucina – 2°Parte
112 – La scuola Stregata
113 – Il Medico Legale
114 – I Sommozzatori – 1°Parte
115 – I Sommozzatori – 2°Parte
116 – Il Giallista Scomparso – 1°Parte
117 – Il Giallista Scomparso – 2°Parte
118 – Vent’ anni Fà
119 – La Matricola
120 – Api E Miele
121 – Le Due Sorelle – 1°Parte
122 – Le Due Sorelle – 2°Parte
123 – Che Tempo Fà?
124 – L’assassino Misterioso – 1°Parte
125 – L’assasinio Misterioso – 2°Parte
126 – Delitto Dietro Le Quinte – 1°Parte
127 – Delitto Dietro Le Quinte – 2°Parte
128 – Rapina In Banca

4°Stagione
129 – La Nuova Studentessa
130 – Minaccia Allo Stadio – 1°Parte
131 – Minaccia Allo Stadio – 2°Parte
132 – Il Caso Degli Appassionati Di Magia – 1°Parte
133 – Il Caso Degli Appassionati Di Magia – 2°Parte
134 – Il Caso Degli Appassionati Di Magia – 3°Parte
135 – Il Caso Dell’arma Del Delitto Mancante
136 – Il Vecchio Castello Blu – 1°Parte
137 – Il Vecchio Castello Blu – 2°Parte
138 – L’ultimo Spettacolo – 1°Parte
139 – L’ultimo Spettacolo – 2°Parte
140 – SOS, Ayumi è In Pericolo
141 – Omicidio Alla Vigilia Delle Nozze – 1°Parte
142 – Omicidio Alla Vigilia Delle Nozze – 2°Parte
143 – Intuito Astronomico
144 – Assassinio Sull’intercity – 1°Parte
145 – Assassinio Sull’intercity – 2°Parte
146 – I Pericoli Dell’amore – 1°Parte
147 – I Pericoli Dell’amore – 2°Parte
148 – Fermate Quel Tram!
149 – Delitto Al Parco Dei Divertimenti
150 – Esplosione Mortale – 1°Parte
151 – Esplosione Mortale – 2°Parte
152 – Per Amor Di Giustizia
153 – Un’estate Che Scotta – 1°Parte
154 – Un’estate Che Scotta – 2°Parte
155 – Il Caso Della Chiave Nell’acqua
156 – Una Love Story Da Detective – 1°Parte
157 – Una Love Story Da Detective – 2°Parte
158 – Delitto In Metropolitana
159 – La Leggenda Del Tempio – 1°Parte
160 – La Leggenda Del Tempio – 2°Parte
161 – Omicidio Al Ristorante
162 – Il Primo Caso Di Schinichi
163 – Il Segreto Della Luna, Delle Stelle E Del Sole – 1°Parte
164 – Il Segreto Della Luna, Delle Stelle E Del Sole – 2°Parte
165 – Sparizione Improvvisa
166 – Il Mistero Della Villa Dei Ragni – 1°Parte
167 – Il Mistero Della Villa Dei Ragni – 2°Parte
168 – Il Mistero Della Villa Dei Ragni – 3°Parte
169 – Morte Di Venere
170 – Assassinio Al Buio – 1°Parte
171 – Assassinio Al Buio – 2°Parte
172 – Messaggio In Fin Di Vita – 1°Parte
173 – Messaggio In Fin Di Vita – 2°Parte

5°Stagione
174 – Giallo A Bordo Della Symphony
175 – L’uomo Che Fu Ucciso Tre Volte
176 – Incontro Indesiderato – 1°Parte
177 – Incontro Indesiderato – 2°Parte
178 – Incontro Indesiderato – 3°Parte
179 – L’incidente Fasullo
180 – Notturno In Amore Rosso – 1°Parte
181 – Notturno In Amore Rosso – 2°Parte
182 – Le Nove Porte
183 – Ricetta Pericolosa
184 – La Maledizione Delle Maschere
185 – Il Detective Assassinato – 1°Parte
186 – Il Detective Assassinato – 2°Parte
187 – Lo Sparo Misterioso
188 – In Fuga Dalla Caverna
189 – Il Detective Ferito
190 – Omicidio Alla Recita
191 – Il Cavaliere Nero
192 – Il Ritorno Di Schinichi
193 – Omicidio Guastafeste
194 – Il Mistero Del Carillon – 1°Parte
195 – Il Mistero Del Carillon – 2°Parte
196 – L’arma Invisibile
197 – Il Mistero Dell’auto Sportiva – 1°Parte
198 – Il Mistero Dell’auto Sportiva – 2°Parte
199 – Goro Sospettato – 1°Parte
200 – Goro Sospettato – 2°Parte
201 – L’autobus Dei Misteri – 1°Parte
202 – L’autobus Dei Misteri – 2°Parte
203 – Delitto Tra I Monti – 1°Parte
204 – Delitto Tra I Monti – 2°Parte
205 – Un Caso Rimasto Irrisolto – 1°Parte
206 – Un Caso Rimasto Irrisolto – 2°Parte
.207 – Un Ragionamento Troppo Sopraffino
208 – La Maledizione Della Dea Della Montagna
209 – L’incidente
210 – La Leggenda Del Palazzo Con L’acqua Di Cinque Colori – 1°Parte
211 – La Leggenda Del Palazzo Con L’acqua Di Cinque Colori – 2°Parte
212 – Battuta Di Caccia – 1°Parte
213 – Battuta Di Caccia – 2°Parte
214 – Vendetta
215 – La Baia Della Vendetta – 1°Parte
216 – La Baia Della Vendetta – 2°Parte
217 – Il Segreto Dell’ispettore Megure – 1°Parte
218 – Il Segreto Dell’ispettore Megure – 2°Parte

6°Stagione
219 – La Leggenda Di Furto Kid
220 – Una Clientela Menzognera – 1°Parte
221 – Una Clientela Menzognera – 2°Parte
222 – L’isola Della Sirena – 1°Parte
223 – L’isola Della Sirena – 2°Parte
224 – L’isola Della Sirena – 3°Parte
225 – Un Criminale Poco Furbo
226 – Delitto In Sala Giochi – 1°Parte
227 – Delitto In Sala Giochi – 2°Parte
228 – Il Corso Di Ceramica – 1°Parte
229 – Il Corso Di Ceramica – 2°Parte
230 – Il Dirottamento Dell’Autobus – 1°Parte
231 – Il Dirottamento Dell’Autobus – 2°Parte
232 – Omicidio O Incidente?
233 – Prova Indelebile – 1°Parte
234 – Prova Indelebile – 2°Parte
235 – Omicidio In Cantina
236 – Viaggio Nella Spiaggia Del Mistero – 1°Parte
237 – Viaggio Nella Spiaggia Del Mistero – 2°Parte
238 – Morte Al Ristorante – 1°Parte
239 – Morte Al Ristorante – 2°Parte
240 – Assassinio Sul Treno – 1°Parte
241 – Assassinio Sul Treno – 2°Parte
242 .- Sulle Traccie Di Genta
243 – L’impostore – 1°Parte
244 – L’impostore – 2°Parte
245 .- Uno Sparo Misterioso
246 – Il Mistero Avvolto Nella Rete – 1°Parte
247 – Il Mistero Avvolto Nella Rete – 2°Parte
248 – Delitto In Collina
249 – 250 – Il Segreto Delle Popstar
251 – Tragedia All’Ok Ranch
252 – Il Rapimento
253 – Storia D’amore Alla Centrale Di Polizia – 1°Parte
254 – Storia D’amore Alla Centrale Di Polizia – 2°Parte
255 – Il Mistero Racchiuso In Una Poesia – 1°Parte
256 – Il Mistero Racchiuso In Una Poesia – 2°Parte
257 – Il Ladro Dell’offertorio
258 – L’uomo Di Chicago – 1°Parte
259 – L’uomo Di Chicago – 2°Parte
260 – Lavori In Corso
261 – La Leggenda Del Guerriero Suicida – 1°Parte
262 – La Leggenda Del Guerriero Suicida – 2°Parte

7°Stagione
263 – Doppio Mistero A Osaka
264 – Scontro In Tribunale: Eri Contro Goro – 1°Parte
265 – Scontro In Tribunale: Eri Contro Goro – 2°Parte
266 – Il Delitto Di San Valentino – 1°Parte
267 – Il Delitto Di San Valentino – 2°Parte
268 – Il Delitto Di San Valentino – 3°Parte
269 – Ricordo Dimenticato Di Un Delitto – 1°Parte
270 – Ricordo Dimenticato Di Un Delitto – 2°Parte
271 – Abbreviazioni Frettolose – 1°Parte
272 – Abbreviazioni Frettolose – 2°Parte
273 – La Scomparsa Della Vechietta Dei Quiz
274 – La Verità Sulla Casa Infestata Dagli Spettri – 1°Parte
275 – La Verità Sulla Casa Infestata Dagli Spettri – 2°Parte
276 – Il Distintivo Smarrito
277 – L’insegnante D’inglese Contro Il Famoso Detective – 1°Parte
278 – L’insegnante D’inglese Contro Il Famoso Detective – 2°Parte
279 – Hooligan Nel Labirinto – 1°Parte
280 – Hooligan Nel Labirinto – 2°Parte
281 – Giovani Testomoni
282 – Il Mistero Del Giardino Giapponese Con La Cascata – 1°Parte
283 – Il Mistero Del Giardino Giapponese Con La Cascata – 2°Parte
284 – Déjà vù Sotto La Pioggia – 1°Parte
285 – Déjà vù Sotto La Pioggia – 2°Parte
286 – Schinichi A New York – 1°Parte
287 – Schinichi A New York – 2°Parte
288 – Schinichi A New York – 3°Parte
289 – Mitsushiko Sparisce Nel Bosco – 1°Parte
290 – Mitsushiko Sparisce Nel Bosco – 2°Parte
291 – La Principessa Dell’isola Disabitata E Il Palazzo Del Re Dei Draghi – 1°Parte
292 – La Principessa Dell’isola Disabitata E Il Palazzo Del Re Dei Draghi – 2°Parte
293 – La Principessa Dell’isola Disabitata E Il Palazzo Del Re Dei Draghi – 3°Parte
294 – Incontri Di Tennis, Incontri D’amore – 1°Parte
295 – Incontri Di Tennis, Incontri D’amore – 2°Parte
296 – Pesca Sulla Casa Galleggiante
297 – Battaglia In Tribunale – 1°Parte
298 – Battaglia In Tribunale – 2°Parte
299 – Amicizia E Omicidio Allo Stretto Di Kammon – 1°Parte
300 – Amicizia E Omicidio Allo Stretto Di Kammon – 2°Parte
301 – Parata Di Cattiveria E Di Santi – 1°Parte
302 – Parata Di Cattiveria E Di Santi – 2°Parte
303 – Il Ritorno Della Vittima

8°Stagione
304 – Dipartimento Di Polizia In Sospeso, 12 Milioni Di Ostaggi
305 – Sospetto Invisibile – 1°Parte
306 – Sospetto Invisibile – 2°Parte
307 – I Resti Di Una Testimonianza Silente – 1°Parte
308 – I Resti Di Una Testimonianza Silente – 2°Parte
309 – Il Diario – 1°Parte
310 – Il Diario – 2°Parte
311 – Il Diario – 3°Parte
312 – Il Festival Delle Bambole – 1°Parte
313 – Il Festival Delle Bambole – 2°Parte
314 – Testimoni Di Un Crimine
315 – Il Maestro E L’allievo
316 – Il Mistero Di Faccia Di Lupo – 1°Parte
317 – Il Mistero Di Faccia Di Lupo – 2°Parte
318 – I Portasigari Portafortuna – 1°Parte
319 – I Portasigari Portafortuna – 2°Parte
320 – Un Alibi Di Ferro
321 – Il Furgoncino Scomparso – 1°Parte
322 – Il Furgoncino Scomparso – 2°Parte
323 – Prigonieri In Soffitta – 1°Parte
324 – Prigonieri In Soffitta – 2°Parte
325. – Un Cavallo Rosso Fuoco – 1°Parte
326. – Un Cavallo Rosso Fuoco – 2°Parte
327. – Un Cavallo Rosso Fuoco – 3°Parte
328. – Festa Con Delitto
329. – Un’amicizia Infranta – 1°Parte
330. – Un’amicizia Infranta – 2°Parte
331 – Cena A Base Di Curry – 1°Parte
332 – Cena A Base Di Curry – 2°Parte
333 – Cronaca Di Una Morte Annunciata – 1°Parte
334 – Cronaca Di Una Morte Annunciata – 2°Parte
335 – Nessun Rumore – 1°Parte
336 – Nessun Rumore – 2°Parte
337 – Un Falso Incidente
338 – Le Quattro Porsche – 1°Parte
339 – Le Quattro Porsche – 2°Parte
340 – Il Segreto Nascosto Nella Toilette – 1°Parte
341 – Il Segreto Nascosto Nella Toilette – 2°Parte
342 – Il Matrimonio Dei Misteri
343 – Caccia Al Ladro – 1°Parte
344 – Caccia Al Ladro – 2°Parte

9°Stagione
345 – Misteri In Una Notte Di Luna Piena
346 – La Chiave Del Mistero – 1°Parte
347 – La Chiave Del Mistero – 2°Parte
348 – Fantasmi E Turisti – 1°Parte
349 – Fantasmi E Turisti – 2°Parte
350 – Il Cellulare Dimenticato – 1°Parte
351 – Il Cellulare Dimenticato – 2°Parte
352 – Una Tragedia Alla Gara Di Pesca – 1°Parte
353 – Una Tragedia Alla Gara Di Pesca – 2°Parte
354 – Segreti E Ricatti – 1°Parte
355 – Segreti E Ricatti – 2°Parte